Après avoir appris le métier aux côtés de Pierre Joubert et collaboré aux éditions Ouest-France et Hachette en tant qu’illustrateur, il débute en 1982 dans la BD en reprenant le dessin de Barbe-Rouge, série imaginée par Jean-Michel Charlier. Après le décès de Jijé, Charlier était à la recherche d’un dessinateur pour la continuer, et il avait été orienté vers Pellerin par un certain Jean Giraud…

En tant que scénariste, Pellerin écrit pour Jean-Charles Khraen trois tomes des Aigles Décapitées (Glénat, 1985-1988). Auteur complet, il conçoit chez Dupuis L’Épervier en 1994. Ce personnage, corsaire du XVIIIe siècle, est en quelque sorte une transposition de Barbe-Rouge, que Pellerin aurait dû reprendre à la mort de Charlier en 1989. Désormais épris par la mer et les récits d’aventure, mais ne voulant pas continuer le travail sans son ami, l’auteur trouve alors un compromis : en ajoutant une cicatrice, un nez différent et des cheveux plus foncés, il crée Yann de Kermeur.

Après avoir sillonné les mers pendant 7 tomes, le personnage revient en 2008 chez un autre éditeur, Quadrant Solaire. Série d’aventure, L’Épervier est néanmoins minutieusement documentée du point de vue historique par un Pellerin perfectionniste jusqu’au détail. Il fait l'objet de suppléments intitulés Les rendez-vous de l'Epervier.

En 2003, à Paris, le dessinateur a été, avec Gibrat, à l’honneur d’une exposition rétrospective pour inaugurer l’ouverture du nouvel espace de la galerie Maghen.

En 2011, L'épervier est adapté en série TV avec un casting d'acteurs français prestigieux : Aurélien Wiik, Martin Lamotte, Fanny Valette, ...